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◆インボイス制度により生じる免税事業者の不利益
これによって、従来の「免税事業者」に著しい不利益をもたらすことになる。
すなわち、免税事業者はインボイスを発行できない。いきおい、免税事業者の取引相手方はインボイスを受け取れないため、消費税の計算をする際に「仕入税額控除」を行うことができない。
そうなると、免税事業者の相手方で「仕入税額控除」を行う事業者は、仕入税額控除をせず売上税額をそのまま納税しなければならないことになる。
それを避けるには、以下のいずれかを選ぶしかない。
【課税事業者側が従来通り「仕入税額控除」を行うために必要な対応】
・免税事業者との取引をやめる（課税事業者との取引に切り替える）
・免税事業者に対して「消費税相当額」の値引きを求める
なお、後者については法令上禁止されているが、免税事業者の側が任意に応じることは禁じられていない。力関係を考慮すると、免税事業者が事実上、「任意」と称して不利な条件を飲まざるをえない可能性も否定できないのだ。
いずれにしても、免税事業者にとっては著しい不利益となる。
◆免税事業者が課税事業者に転換する場合の問題点
また、もしも、免税事業者がインボイスを発行できるようになるために「課税事業者」に転換すれば、一気に、以下の新たな3つの負担がのしかかることになる。
【免税事業者が課税事業者に転換する場合の新たな3つの負担】
・消費税の納税義務を負う
・消費税の計算の手間・コストが発生する
・インボイス発行の手間・コストがかかる
これが、中小零細の個人事業主・フリーランスに対する「弱いものいじめ」の制度であると指摘されるゆえんである。
◆「免税事業者の益税」という誤解
なお、これに対し、「益税」という表現を用いて反論が行われることがある。
「免税事業者は今まで、国に納めるべき消費税相当額を懐に入れる『益税』を行っていた」というものである。
しかし、上述した消費税のしくみを前提とする限り、この言説には誤解が含まれているといわざるを得ない。
どういうことかというと、依頼主との力関係の差が大きい状況で、しかも、自身が免税事業者であることを知っている依頼主に対し「価格に消費税分を上乗せしてください」ということは事実上、不可能に近い。
また、消費税法に「免税事業者」の制度がおかれている以上、免税事業者が事実上、消費税分を価格転嫁しないことは、むしろ自然である。価格を抑えるための正当な経営判断であるとさえいえる。
以上はあくまで価格決定過程の実質に着目したものである。もちろん、形式的には「本体価格＋消費税」の形で表示されているかもしれない。しかし、それは課税事業者側の経理上の便宜のためという側面が大きい。
免税事業者の「益税」の実態は疑わしいといわざるをえないのである。
