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調査前にデータを提出しただけで加算税は重くなる？
納税者にとって特に気になるのが、帳簿等データを提出した後に申告内容の誤りに気づき、修正申告をした場合の加算税の取り扱いだ。
国税庁のQ&Aでは、過少申告加算税を例に、調査通知後に修正申告書を提出した場合の取り扱いを説明している。
過少申告加算税は、修正申告が「調査があったことにより更正があるべきことを予知してされたもの」に該当するかどうかによって、原則として税率が変わる。
調査通知後に修正申告をした場合、税務署による調査で申告内容の誤りを指摘されるなど、更正があるべきことを予知して修正申告したときは10％、そうでないときは5％となる。
ここで重要なのが、実地調査前に帳簿等データを提出したという事実だけでは、直ちに「更正があるべきことを予知してされたもの」には該当しないという点だろう。
つまり、調査前に帳簿等データを提出したからといって、それだけで修正申告に対する過少申告加算税が10％になるわけではない。
ただし、申告内容を検討した税務署から非違事項を指摘されるなどして、納税者が調査があったことを了知したと認められたあとに修正申告をした場合などは、原則として「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当すると考えられる。なお、実際の加算税の適用は、個々の事実関係を踏まえて判断される。
このほか、国税通則法65条の定めでは、調査通知前（かつ更正予知前）に自主的に修正申告をした場合、過少申告加算税は課されない。また、増差税額が期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分には、上記の税率がそれぞれ5％加算される（10％は15％、5％は10％）。
提出した帳簿等データは通常7年間保存される
税務調査で提出した帳簿等データがどのように管理されるのかも、納税者にとって気になるところだろう。
国税庁によると、提出された電子データは行政文書として保存され、国税庁の行政文書管理規則などに従って管理される。
課税処分の証拠として保存が必要なデータについては、通常7年間の保存期間が設定され、期間が満了した後に消去される。保存期間が1年未満のものについても、保存の必要性がなくなり次第、速やかに消去するとしている。
また、データの管理に当たっては、アクセス権限を設定し、必要に応じてパスワードの設定や暗号化を行うなどの措置を講じている。
さらに、提出された帳簿等データは、提出を受けた税務調査だけでなく、別の事案に関する税務調査や行政指導に活用される場合もある。
国税庁は、国税職員には国税通則法に基づく守秘義務が課されており、ほかの税務調査で情報を利用する場合も、情報の入手先や内容が調査対象者に明らかにならないよう十分に注意して取り扱うと説明している。
