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税務調査で「非違※」が見つかった場合に起きること
申告所得税、法人税、地方法人税、消費税、相続税、贈与税などの申告納税方式の国税は、納付すべき税額が納税者の申告によって確定することを原則とし、その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていない場合その他当該税額が税務署長又は国税局長（以下「税務署長等」とします）の調査したところと異なる場合に限り、税務署長等の処分（更正又は決定）によって確定することとされています（通則法16①一）。
そのため、税務調査で非違が見つかった場合、納税者がそもそも申告を行っていなければ期限後申告を行い、申告を行っていた場合は当初の申告を修正する申告を行うこととなります。納税者が非違に係る申告を行わない場合は、税務署長等は決定又は更正という処分により納付すべき税額を確定することとなります。
税務調査で、申告に計上されていない収入があること、費用にならないものが計上されていること、費用に係る証拠書類がないこと、あるいは法令の適用誤りなどの非違が見つかった場合に起きることを簡単に説明します。
※非違（ひい）……税務においては、たとえば納税申告や計算の誤り、義務の不履行、不正行為など、税法や関連規定に違反している状態を指す
心理的・精神的負担の増加
納税者・代表者だけでなく非違に関係する取引に関わった従業員、家族などは「大変なことになってしまった。どうしよう……」「調査はいつ終わるんだろう。どこまで調べられるんだろう」「〇〇の件が明るみに出たらどうしよう」「いくら取られるんだろう」「今後の事業や資金をどうしよう」などと思い悩み、精神的な負担が大きくなります。
その結果、不眠症になったりして体調を崩す方も結構いらっしゃいます。
時間の拘束、事務負担の増加
調査へ対応するために、納税者・代表者、従業員、家族などは時間が拘束されますし、書類やデータの整理・作成・複写などの事務負担も増えます。
さらに、調査の処理に納得がいかなかった場合、不服申立てや訴訟の提起による負担も生じます。
取引への悪い影響が懸念
調査担当者は、取引の実態を解明し、非違の内容を確認し、証拠を収集・保全するために取引先に確認調査（「反面調査」と言います）を行う可能性が高くなり、取引先がその対応に労力を取られるなど迷惑をかけるおそれがあります。
また、取引先（特に売上先）の中には、調査を受けている納税者との取引があることをなるべく伏せたい、知られたくないと考えている場合もあります。
そういった取引先に調査担当者が反面調査に行くと当該納税者と取引していることや取引内容が取引先の中で担当者以外の人々などに知られてしまい、以後の取引が停止になる可能性が高くなります。
さらに、納税者・代表者側に取引の記録がなかったり、不正確だったりするなど、契約通りの処理をしていなかったことなどが取引先に知られた場合、取引が停止となる、損害賠償を求められるなどの実害が生じるおそれがあります。
金銭的負担の発生
税務調査では、調査結果に基づいて、過去（原則3年分・事業年度）まで遡って追徴課税されます。調査により認定された税額と確定申告で納付等した税額の差額を納めなければなりません。
