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そもそも確定申告とは何か
毎年1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得の金額とそれに対する所得税等の金額を“計算して確定させる手続き”のことを「所得税の確定申告」といいます。確定申告では、所得の種類に応じた課税方法に従い、確定申告書を自ら作成の上、管轄の税務署に提出します。
所得には、利子所得、配当所得、事業所得、不動産所得、給与所得、退職所得、譲渡所得、山林所得、一時所得、雑所得の10種類あります。また、譲渡所得は短期と長期に分かれ、雑所得は公的年金等とその他に分かれます。
ここで注意していただきたいのは、「収入」と「所得」の違いです。簡単に言うと収入とは1年間に得たお金の総額です。そしてその収入を得るために必要な費用（＝必要経費）を差し引いた残りが所得となります。例えば、「事業所得」であれば「事業収入」から、その事業に必要な費用を差し引いた残りが事業所得になる、という具合です。
さらにここから先については、納付税額を求めるための大枠（例外を除く）を説明します。
複数の所得がある人の場合、前述の各種所得を合計します。その合計金額から「所得控除」を引くと「課税所得」が求められます。所得控除とは、一定の要件に当てはまる場合、所得から差し引くことができる金額のことです。所得控除については後ほど解説します。
また、「課税所得」に税率を乗じると「算出税額」が求められます。ここから「税額控除」を引くと「納付税額」となります。税額控除には、様々なものがあり、一例としては住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）などがありますが、これも後で説明します。
下記は、以上をまとめたものです。
①収入－経費=所得
②所得－所得控除=課税所得
③課税所得×税率=算出税額
④算出税額－税額控除=納付税額
これを計算して、既定の申告用紙に書いて提出するのが「確定申告」です。
勤務医、開業医ごとの確定申告の特徴
まず確認していただきたいのは、確定申告は「所得（収入）の種類」ごとに行うということです。したがって、「医師」、「看護師」といった職業別の特別な確定申告があるわけでありません。
（A）勤務医（病院などに勤務して給料をもらっている人）の場合
勤務医（病院や企業、学校などに勤務して給料をもらっている人）の給料は、前述の10種類の所得区分において、「給与所得」に該当します。給与所得の場合、原則的には確定申告を行う必要はありません。
給与所得は、給与収入（いわゆる額面給与）から給与所得控除を差し引いて求めますが、この計算は勤務先（病院など）が行ってくれます。そして、給与所得控除を差し引いた課税給与所得から所得税等の税額を計算し、税金が「天引き」された給与が医師に支給されます。天引きされた所得税等は勤務先の病院がまとめて税務署に納税します。この仕組みを「源泉徴収」と呼びます。また、住民税も所得税と同じように給与から天引きされますが、これを「特別徴収」と呼びます。（勤務先によっては例外あり）。
そして、本来徴収すべき所得税の1年間の総額を再計算し、源泉徴収した合計額と比較して、過不足額を計算し、余分に源泉徴収している場合には、その差額を還付。不足している場合には、その差額を徴収する仕組みを「年末調整」といいます。
給与所得の場合、源泉徴収と年末調整により、所得税の納税関係は終了するため、原則的には確定申告をする必要がありません。
なお、正規採用ではないアルバイト医師や、研修医などの場合も、給料をもらっている場合は給与所得となり、同じ考え方です。
●給与所得でも確定申告をしなければならない場合
年間の給与収入が2000万円以上である場合や、2箇所以上の病院などに勤務（アルバイトを含む）して給与をもらっている場合、給与所得以外に一定額以上の所得がある場合などは、確定申告を自分で行う義務があります。
●給与所得でも確定申告をしたほうが節税になる場合
所得税の計算では、所得から差し引ける（控除できる）特定の金額があります。これらのほとんどは年末調整で勤務先が計算してくれます。しかし、一部の所得控除と税額控除については、年末調整の計算対象になっていないため、それに該当する項目がある場合は、確定申告の義務がない人でも、申告をすることで節税になります。例えば、「医療費控除」や「雑損控除」「特定支出控除」などがこれに該当します。
（B）開業医（個人事業）の場合
開業医（個人事業）の所得は、前述の10種類の所得では、「事業所得」に該当します。事業所得は、事業収入から必要経費を引いて求めます。事業所得者の場合、給与所得者のような源泉徴収による納税の仕組みがないため、確定申告をして納税することが義務となります。
なお、開業医であっても、自分が理事長に就き、医療法人から役員報酬を受けている場合は、事業所得ではなく給与所得となり、（A）の考え方が適用されます。
開業医（個人事業）の場合は、青色申告と白色申告を選べる
確定申告には「青色申告」と「白色申告」の2種類があります。青色申告ができるのは個人事業主の「事業所得」と「不動産所得」、「山林所得」です。勤務医や研修医（アルバイト医師）などの給与所得者が確定申告する場合は、白色申告になります。一方、開業医（個人事業）の確定申告では、青色申告か白色申告かを選択できます。
両申告の違いですが、わかりやすくいうと、青色申告は「正式版」、白色申告は「簡易版」のような位置づけになっています。正式版である青色申告のほうが、より正確な簿記処理が求められ、提出しなければならない書類なども多くなります。そのため青色申告のほうが経理の手間がかかります。
その代わり、手間をかけて正式な書類を作ることに対する“ご褒美“のような特典として、「青色申告特別控除」など、青色申告の場合だけ所得から差し引ける控除項目が用意されています。最近では、使いやすい経理ソフトもあるので、特別な事情がないかぎり青色申告を選択したほうが得策でしょう。
なお、青色申告をするためは、原則として青色申告しようとする年の3月15日までに、「青色申告承認申請書」を納税地の所轄税務署長に提出しなければなりません。
●青色申告特別控除
青色申告の“ご褒美”である控除の1番目が、「青色申告特別控除」です。
青色申告特別控除には、10万円、55万円、65万円の3種類があります。開業医（個人事業）が55万円または65万円の青色申告特別控除を受けるには、以下の条件を満たす必要があります。
①青色申告者であること
②病院事業に係る取引を正規の簿記の原則（一般的には複式簿記）で記録していること
③②の記帳に基づいて作成した貸借対照表及び損益計算書を確定申告書に添付し、青色申告特別控除の適用を受ける金額を記載して、法定申告期限内に提出すること。
さらに、65万円の青色申告特別控除を受けるには、上記の3条件に加えて、以下の条件のどちらかを満たす必要があります。
（a）その年分の病院事業に係る仕訳帳及び総勘定元帳について、電子帳簿保存を行っていること。
（b）その年分の所得税の確定申告書、貸借対照表及び損益計算書等の提出を、確定申告書の提出期限までにe‐Tax（電子申告）を使用して行うこと。
前述すべてに当てはまらない青色申告者は、10万円の青色申告特別控除しか受けられません。
●青色申告専従者控除
青色申告の“ご褒美”の2番目が、「青色申告専従者控除」です。
これは、青色申告者と同じ家計で暮らしている配偶者もしくはその他の親族のうち、年齢が（12月31日現在）15歳以上で、その青色申告者の事業に専ら従事している（他の仕事などしていない）人に支払った給与を、必要経費に算入することができるというものです。
例えば、開業医の配偶者がクリニックの受付業務をしているような場合に、開業医が配偶者に給与を支払ったとき、それを必要経費に算入し、開業医自身の収入から差し引くことができます。
白色申告の場合は、同じように配偶者に給与を支払っても次の（イ）（ロ）の金額のどちらか低い金額しか経費にすることはできません。
（イ）配偶者であれば86万円、配偶者でなければ専従者一人につき50万円
（ロ）事業所得等の金額を専従者の数に1を足した数で割った金額
なお、青色申告専従者控除が適用できる条件として、
①「青色事業専従者給与に関する届出書」を事前に提出しておくこと
②支払う給与が「青色事業専従者給与に関する届出書」に記載された金額の範囲内であること
③専従者の給料として適正な金額であること
④その年を通じて6月を超える期間（一定の場合には事業に従事することができる期間の2分の1を超える期間）、その青色申告者の営む事業に専ら従事していること。
の4条件を満たす必要があります。不相応に高い給与の場合は認められないことがあるので気をつけましょう。
また、青色事業専従者として給与の支払を受ける人は、控除対象配偶者や扶養親族にはなれず、配偶者控除や扶養控除は受けられません。この点にも注意してください。
給与所得、事業所得以外の所得がある医師の場合
医師は、医業以外の副収入を得ていることがよくあります。例えば、書籍執筆の原稿料や講演の謝礼、あるいは不動産投資での賃料収入などです。これらは、それぞれ決められた所得区分となります。
①投資不動産を持っている場合、その家賃は「不動産所得」。
②上場株式・国債などを売却して利益を得た場合は「譲渡所得」。
③株式を所有していることによって受け取った配当は「配当所得」。
④原稿料、講演料などに関する所得や為替FX、仮想通貨に対する投資による所得は「雑所得」。
これらの所得がある場合、原則的にはすべての所得を確定申告しなければなりません。ただし、20万円以下の雑所得、申告不要制度を選択している上場株式の配当所得、「源泉徴収ありの特定口座」を利用している場合の上場株式の譲渡所得などは、例外として申告不要です。「原則的には所得があればすべて確定申告する。ただしいくつか例外もある」と考えておけばいいでしょう。
なお、一定期間内に、ある種類の所得がプラスで、ある種類の所得がマイナス（赤字）となった場合、それらを相殺してプラスを減らすことできる「損益通算」という制度があります。ただし、損益通算は所得区分ごとに、可能なものと不可能なものがあり、なんでもできるわけではありません。
例えば、不動産所得の損失は損益通算可能で、他の所得から控除できます。一方、雑所得の損失は損益通算できせん。不動産投資（不動産所得）で赤字が出た場合は、給与所得と損益通算することができますが、為替FX取引（雑所得）で赤字が出ても、他の所得から差し引けない、ということです。
医師の確定申告で計上できる必要経費は？
開業医（個人事業）の事業所得は、収入から必要経費を引いて求められます。必要経費とは、収入を得るために直接必要な管理費やその他費用のことです。基本的には、医療機関運営に関するすべての費用が必要経費になります。
●社会保険診療報酬の所得計算の特例
なお、医業収入の特徴として、保険診療では診療報酬点数によって収入が固定されているという点があります。その社会保険診療については、「社会保険診療報酬の所得計算の特例」制度があり、年間の社会保険診療報酬が5000万円以下のときは、その社会保険診療に係る実際の経費にかかわらず、ある条件で計算した金額を、保険診療に係る経費とすることができるという特別措置がとられています（ただし、社会保険診療報酬が5000万円以下でも、自由診療収入を含めた収入（医業収入）が7000万円超の場合は除きます）。
●勤務医でも一定の必要経費が認められる「特定支出控除」
給与所得者の場合、年末調整で給与収入額に応じた「給与所得控除」が控除されます。給与所得者の必要経費は、基本的にこの給与所得控除で一律に控除されていると考えられます。
ただし、給与所得者が業務の遂行上必要な特定の支出をして、その支出合計額が給与所得控除額の2分の1（最高125万円）を超える場合は、その超える部分について、確定申告によって給与所得から控除することができます。これを、「特定支出控除」といいます。
ここで、特定支出とは、以下の①から⑥のうち、一定要件を満たすものです。
①通勤費、②転居費、③研修費、④資格取得費、⑤帰宅旅費、⑥勤務必要経費（図書費・衣服費・交際費など。上限65万円）
なお、いずれも給与の支払者による証明が必要です。
医師の場合は、学会参加のための旅費、医学書や医学雑誌の購入費、医師賠償責任保険（医賠責）料などが特定支出に該当すると思われます。これの費用については、確定申告することで、課税所得を減らすことができる可能性があります
所得控除と税額控除を適正に申告することで課税を減らせる
「所得控除」とは一定の要件に当てはまる場合に、所得から差し引くことができる金額です。所得が減れば税額も減るので、所得控除を適正に申告することは節税につながります。
所得控除は以下の15種類があります（令和2年4月1日現在）。
①雑損控除、②医療費控除、③社会保険料控除、④小規模企業共済等掛金控除、⑤生命保険料控除、⑥地震保険料控除、⑦寄附金控除、⑧障害者控除、⑨寡婦控除、⑩ひとり親控除、⑪勤労学生控除、⑫配偶者控除、⑬配偶者特別控除、⑭扶養控除、⑮基礎控除
主なものを紹介すると、合計所得金額2500万円以下の人が所得額に応じて一定金額を控除できる「基礎控除」、一定の配偶者がいる場合の「配偶者控除」、一定の扶養親族がいる場合の「扶養控除」、保険に加入している場合の「生命保険料控除」「地震保険料控除」、一定金額以上の医療費を支払った場合の「医療費控除」、国民年金保険料などを支払った場合の「社会保険料控除」、災害に被災した場合や盗難などの被害にあった際の雑損控除などがあります。
なお、勤務医（給与所得者）の場合は、これらの所得控除も大半は年末調整で計算がされるので、自分で確定申告できる所得控除項目は限られています。
●税額控除
一方、「税額控除」とは、一定の要件に当てはまる場合に、名前の通り「税額から直接差し引くことができる金額」です。
特定の団体に寄付をした際の寄附金特別控除、住宅ローンを組んで住宅を購入した際の住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）、配当金を受け取った場合の配当控除などがあります。
なお、政党や認定NPO法人など一定の団体への寄附については、所得控除（寄附金控除）と、税額控除（寄附金特別控除）のどちらかを選ぶことができます。多くの場合、税額控除を選ぶほうが節税になります。
所得の申告漏れがあったらどうなる？
申告漏れの種類は、下記の通りです。
無申告：申告期限までに申告をしなかった場合
期限後申告：申告期限前までに申告をしなかったものの、期限後、税務署の指摘を受ける前に申告をした場合
過少申告：申告期限内に申告はしていたものの、申告額が本来支払うべき税よりも少なかった場合
申告漏れがあったときの罰則としては、延滞税、無申告加算税、過少申告加算税、重加算税といった各種加算税を納める必要があります。
延滞税：所得税が定められた期限までに納付されない場合には原則として、法定納期限の翌日から納付する日までの日数に応じて、利息に相当する税が課されます。これが延滞税です。
無申告加算税：期限後申告などをした場合の罰則に近い税です。
過少申告加算税：修正申告（自ら正しい税額に直す申告）、更正（税務署が正しい税額になおすこと）による追加納税額に対して割増して課される罰則に近い税です。
重加算税：所得税の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺい、又は、仮装した場合の罰則に近い税です。
申告漏れや申告間違いに気付いたときは、なるべく早く申告しましょう。申告漏れや申告間違いについては上記のような加算税を納める必要があり、加算税は期限を過ぎれば過ぎるほど金額が大きくなってしまうからです。
最後に
本記事で説明しているのは、あくまで確定申告の基本的な部分だけです。実際には、例外や適用要件など細かい部分まで気を使って申告書を作成しなければなりません。
現在では、クラウドで申告書が作成できるサービスなどもあるので、場合によっては自分だけで確定申告をすることも十分可能ですが、間違いがあるとやり直しになったりして、手間や時間がかかります。
多忙な医師であればこそ、税理士など専門家の力を借りて、自分の時間や手間はかけないようにするという選択肢もあるでしょう。
福井 紀之
福井税務会計事務所
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